El río más importante es el Medjerda. Entre los lagos cabe citar el Djerid y el Bizerta. La hidrografía del país se limita a cursos de agua que raramente desembocan en el mar y que están secos la mayor parte del tiempo, salvo cuando se producen crecidas, por lo general, violentas y devastadoras.
Wadi Majardah.
Mejerda Wadi Oued Medjerda, en latín Bagradas es el río principal de Túnez y la única corriente que fluye perennemente. Wadi Majardah se eleva en el noreste de Argelia en el Majardah (Mejerda). Las montañas y las corrientes de northeastward de 290 millas (460 km) hasta el Golfo de Túnez, un área de drenaje de aproximadamente 8.880 millas cuadradas (23.000 kilómetros cuadrados) antes de que entre el Mar Mediterráneo. Presas a lo largo del río y sus afluentes proporcionan valiosa agua de riego para la llanura circundante, que son una importante zona de cultivo de trigo. Sus dos principales afluentes son el Oued Mellègue (Wadi Mallāq) y el Oued Tessa (Wadi Tassah).
La principal característica de drenaje de la zona norte es el Rio Majardah, el país tiene sólo un arroyo que fluye y que corta el valle Majardah antes de vaciar en el golfo de Túnez, cerca de la antigua Cartago. Más al sur, los arroyos son intermitentes y en gran parte localizada en la forma de uadis, que están sujetos a inundaciones estacionales y terminar en el interior chotts. En el sur del país la mayoría de las regiones, en el Sáhara, incluso estos flujos estacionales son raras. Al igual que en otros países de esta región árida, el acceso al agua es una preocupación importante. Durante el decenio de 1990 el gobierno patrocinó la construcción de una serie de represas para el control de inundaciones, preservar el escurrimiento y la recarga de agua de mesa.